آثار
1 ـ دلائل الصدق لنهج الحق
او این کتاب را در 29 ربیع الثانی 1350 قمری به پایان برد. نهج الحق و کشف الصدق کتاب علامه حلی(726 قمری) است که در آن به اثبات مباحث اعتقادی و فقهی شیعه می پردازد. فضل بن روزبهان اصفهانی از متکلمان اشعری مسلک، کتابی در ردّ این کتاب علامه نوشت و نام آن را ابطال الباطل نامید. عالمان شیعه برای دفاع از علامه، کتبی چند به نگارش در آوردند. احقاق الحق سید نورالله شوشتری(1019 قمری) یکی از مهمترین این کتاب ها است. محمدحسن مظفر از دیگر کسانی است که به ردّ فضل ابن روزبهان پرداخت. او در این کتاب، ابتدا کلام علامه حلی، سپس ردّ فضل بن روزبهان اصفهانی را ذکر می کند و بعد از آن به نقد کلمات ابن روزبهان می پردازد. او در این کتاب با روشی علمی و در نهایت ادب و انصاف، تمام مطالب ابن روزبهان را باطل می گرداند. این کتاب به قدری از استحکام علمی برخوردار است که به عنوان یکی از منابع دست اول برای محققان بعدی قرار گرفته است. چاپ های متعدد این کتاب در کشورهای مختلف نشان از مقبولیت این کتاب نزد محققان آن کشورها دارد. او در این کتاب به علت این که کسی متعرض گفته های ابن تیمیه نشده است گاه متعرض ردیه های ابن تیمیه هم شده است ولی به علت این که او را ناصبی و دشمن پیامبر، صلی الله علیه وآله، و خاندان اهل بیت، علیهم السلام، می داند قلم خود را از پرداختن بیش تر به او باز می دارد[20]. شیخ محمدحسن مباحث فقهی کتاب ابن روزبهان را نقد نکرده است و تنها به مباحث اصول اعتقادی که مهم تر است، پرداخته است.
بخشی از این کتاب به دست سید جلیل بن عبدالهی یزدی ترجمه شد و در سال 1373 قمری به نام فضائل امیرالمؤمنین، علیه السلام، [21] به چاپ رسید. آقای محمد سپهری نیز ترجمه ای از این کتاب نوشت و توسط انتشارات امیر کبیر به چاپ رسیده است.
2 ـ شرح کتاب قواعد الاحکام علامه حلی با نام دُرر الفرائد فی شرح القواعد
این کتاب در پنج جلد نوشته شده است و شرح کتاب حج آن با تصحیح و مقدمه ی محمدرضا مظفر در سال 1378 قمری در نجف به چاپ رسید. جلد اول این کتاب در طهارات و در 9 شعبان 1354 قمری آن را نگاشته است. جلد دوم و سوم آن در نماز و جلد چهارم آن در زکات و خمس است[22].
3 ـ الافصاح عن أحوال رجال الصحاح
او در کتاب دلائل الصدق ضمن بیان حال رجال کتب صحاح، به این کتاب خود ارجاع می دهد[23]. شیخ محمدحسن در این کتاب از روایات صحاح اهل سنت که مورد طعن علمای اهل سنت قرار گرفته اند، سخن گفته است و بدین وسیله صحیح بودن این کتب را زیر سؤال برده است. این کتاب براساس حروف الفبا تنظیم شده و با تحقیق جدید توسط مؤسسه ی آل البیت لاحیاء التراث به چاپ رسیده است. گفتنی است... پیش از مظفر، استاد او شیخ الشریعه اصفهانی در کتاب القول الصراح فی البخاری و صحیحه الجامع بعضی از مشاهیر راویان اهل سنت را به نقد کشیده بود.
4 ـ رجال السنة فی المیزان. این کتاب همان مقدمه ی کتاب دلائل الصدق است که در آن رجال کتب صحاح را نقد کرده است. مظفر این کتاب را در ردّ دروغ های عبدالرحمان زرعی در کتاب رجال الشیعة فی المیزان نوشته است[24].
5 ـ حاشیه بر کفایة الاصول[25]
6 ـ شرح کفایة الاصول[26]
7 ـ حاشیه بر العروة الوثقی[27]
8 ـ کتابی در فقه استدلالی[28]
9 ـ رسالة فی فروع العلم الاجمالی من الصلاة[29]
10 ـ وجیزة المسائل. رساله ی فتوا برای عمل کردن مقلدان است[30].
11 ـ حاشیه بر مناسک حج سید ابوالحسن اصفهانی[31]
12 ـ حاشیه بر رساله ی عملیه ی سید ابوالحسن اصفهانی[32]
13 ـ حاشیه بر رساله ی کوچک سید ابوالحسن اصفهانی[33]
14 ـ حاشیه بر رساله ی عملیه ی شیخ عبدالحسین آل مبارک[34]
15 ـ عالَمٌ فی فرد. تجلیل از سید محسن امین است.
متن این اثر در اعیان الشیعة آمده است[35].
16 ـ مجموعه ی اشعار[36]
قطعه ای از اشعار او در کتاب اعیان الشیعه و شعراء الغری آمده است[37].
17 ـ تقریظ بر کتاب الرحلة الحسینیة شیخ محمدحسین حلی[38]
منبع:فرهیختگان تمدن شیعه