شاگردان
شیخ بعد از اقامت در نجف، به تدریس و تربیت شاگرد پرداخت. غالب طلابی که آن زمان در نجف به تحصیل مشغول بودند، در درس او حاضر می شدند. مهم ترین شاگردان او بدین قرارند:
1 ـ محمدمهدی بحرالعلوم معروف به علامه بحرالعلوم
او بعد از تحصیل در کربلا نزد شیخ یوسف بحرانی در سال 1169 قمری به نجف رفت و در درس محمد مهدی فتونی و محمد تقی دورقی (1186 قمری) شرکت کرد.[17]
بحرالعلوم از فتونی اجازه داشته است.[18] در اجازات خود، او را بر دیگر اساتید خود مقدم می داشته است. بعضی این تقدم را بدین علت می دانند که او اولین استاد سید در نجف بوده است.
2 ـ شیخ جعفر کاشف الغطاء
غالب دوران تحصیل او نزد شیخ مهدی فتونی بوده است[19].
3 ـ میرزا محمدمهدی شهرستانی
4 ـ ملا محمدمهدی نراقی (1209 قمری)
5 ـ محمدمهدی بن هدایة الله مشهدی معروف به شهید ثالث (1218 قمری) که از او روایت می کند[20].
6 ـ میرزای قمی (1231 قمری)
میرزای قمی ابتدا از سید حسین خوانساری و وحید بهبهانی استفاده کرد و بعد از آن به درس هزار جریبی و فتونی شتافت.[21]
7 ـ سید عبدالله بن محمدتقی لاریجانی
فتونی به او اجازه داده است[22].
8 ـ میرزا محمد تقی قاضی طباطبایی(1220 قمری)
او از شاگردان فتونی بوده و از او اجازه نیز داشته است. او این اجازه را در سال 1173 قمری ده سال پیش از وفات خود نوشته است. این اجازه در پشت کتاب وسائل الشیعة نوشته شده است و در کتابخانه ی نواده ی قاضی موجود است.[23]
9 ـ محمدرضا بن عبدالمطلب تبریزی (حدود 1208 قمری)[24]
او کتاب رسالة الاشارات را به امر استادش فتونی در فقه نوشت. او پیش از این در سال 1178 قمری کتابی در روایات با عنوان الشافی الجامع بین اخبار البحار و الوافی نوشته بود. وقتی فتونی این کتاب را دید از او خواست تا کتابی در فقه و فتوا نیز بنگارد. از این رو او اقدام به نوشتن کتابی در فقه به نام الاشارات کرد. او نام این دو کتاب را از کتاب اشارات و شفای ابن سینا اخذ کرد و آن را شفاء و اشارات نامید[25].
10 ـ شیخ نصّار بن حمد نجفی (حدود 1240 قمری)[26]
11 ـ احمد بن محمد بن علی معروف به عطار(1215 قمری)[27]
12 ـ میرزا محمدرفیع بن میرزا محمد شفیع تبریزی[28]
13 ـ سید محمد قمی کشمیری[29]
14ـ سید محمدشفیع شوشتری جزائری (1204 قمری) از نواده های سید نعمت الله جزائری[30] و برادر عبداللطیف جزائری صاحب کتاب تحفة العالم
15ـ سید شبر بن محمد حویزی مشعشعی (حدود 1190 قمری)
فتونی برای او اجازه ای نیز صادر کرده است[31].
16ـ امیر ابراهیم بن معصوم تبریزی (1145 قمری)[32]
17 ـ محمد علی بن محمد حسین طالقانی
او کتاب نتایج الاخبار استاد را به خط خود نوشت و استاد هم اجازه ی روایتی برای او صادر کرد. او نزد استاد علاوه بر شنیدن حدیث و قسمتی از کتاب قواعدالاحکام علامه حلی نیز قرائت کرده است[33].
18 ـ سید محمدرضا بن عبدالرزاق بن محمداسماعیل سمنانی اقساسی
او نزد فتونی شاگردی کرد و استاد اجازه نامه ی مفصلی برای وی نوشت. تمام این اجازه نامه در اعیان الشیعة آمده است[34].
منبع:فرهیختگان تمدن شیعه