در دوره‌ای که "اصلاح‌طلبان" بر اریکه‌های قدرت و حکومت تکیه دادند و زمام امور کشور را به دست گرفتند، در میان جریان‌های فکری و سیاسی افراطی و وابسته به تفکر اصلاحات، دیدگاه‌ها و نظرات مختلفی ظاهر گردید و در مطبوعات و محافل آنها مطرح شد که از آن جمله می‌توان نفی رابطه "دین" و "دولت" را نام برد.
براساس این دیدگاه ناصحیح و برخاسته از دوره رنسانس و اندیشه اصلاح دینی، هر گونه نظارت و دخالت دین در سیاست و دولت نفی می‌گردید و این گونه اظهار می‌شد که اگر دین با سیاست و حکومت پیوند و تعامل داشته باشد، "دین دولتی" خواهد بود.
این تفکر، از غرب به جهان اسلام راه یافت و واضع آن قدرت‌های استعماری بودند و جریان‌های فکری و سیاسی غرب‌گرا و مخالف حکومت دینی مامور به تبلیغ و ترویج آن شدند.
مخالفت گروه‌هایی از اصلاح طلبان - و نه همه آنان - با دخالت دین در حکومت و مطرح کردن این نظر که اگر دین بخواهد در مدیریت کلان سیاسی و در فکر و عمل زمامداران راه یابد و برنامه بدهد و نظارت کند، به مرور به آفتی به نام دولتی شدن تبدیل می‌شود، هرگز از روی دلسوزی برای دیانت اسلام نبود، بلکه برای تحقق اهداف خاصی بود که دنبال می‌کردند. اولا آنان قصد داشتند آنچه خود می‌خواهند انجام دهند و نظارتی نداشته باشند و هیچ بازخواستی در خطاها و تصمیم‌گیری‌های زیانمندشان نشود و آنان را از تداوم راهشان باز ندارد. ثانیا مخالفت صریح با پیوند دیانت توسط گروهی از اصلاح‌طلبان با انگیزه ایجاد مانع بر سر راه حکومت اسلامی محقق می‌گردید، چنان که آنان در مراحل بعد این انگیزه را به مرور آشکار کردند و در گوشه و کنار سخن از ناکارآمد بودن حکومت دینی به میان آوردند. همین جا بود که ثابت شد آنچه این قشر از اصلاح‌طلبان مطرح می‌کنند تداوم همان بیراهه‌ای است که در تاریخ معاصر ایران توسط جریان‌های روشنفکرنمای وابسته به غرب پیموده شد و به تبعیت کورکورانه از پروتستانیسم یا اندیشه اصلاح دینی و تغییرات در مسیحیت، تیرها‌یشان قلب اسلام را نشانه رفت تا آن را از طپش باز دارد و تعالیم و قوانین حیاتبخش آن و تفکر تشکیل حکومت دینی را منزوی سازد. در حالی که هم روشنفکر نمایان طرفدار اندیشه اصلاح دینی در غرب و هم گروه‌های اصلاح‌طلب خزیده در نهادهای فرهنگی و سیاسی نظام جمهوری اسلامی ایران می‌دانستند که مسیحیت قرون وسطی توسط دستگاه کلیسا به اوج توحش و خشونت و تحریفات و خرافات گرفتار شده و علم و دانش را نهی و دانشمندان را نفی می‌کرد و با تشکیل دستگاه‌های مخوف انگیزیسیون یا تفتیش عقاید شدیدترین شکنجه‌ها و فجیع‌ترین جنایات را مرتکب می‌شد، و بین این مسیحیت ملعبه دست کلیسا با دین اسلام هیچ پیوند و تناسبی وجود ندارد و حوزه و روحانیت اسلام همواره مسیحیت تحریف شده و ابزار دست جنایتکاران کلیسای قرون وسطی را محکوم کرده و می‌کند. ولی چه باید کرد وقتی که اسلام زندگی‌ساز و انسان‌پرور و طرفدار علم و حامی دانشمندان و مخترعین سرکوب گردد و دینی که دانش را "نور" و "حیات" "گنجینه‌های کمال" می‌داند، در کنار مسیحیت تحریف گرو خرافه‌گرایی که با علم و آگاهی مخالفت می‌کندو دانشمندان را می‌سوزاند و به قتل می‌رساند قرار داده می‌شود تا اهداف سیاسی و مطامع گروهی و وابستگی به استعمار و دلبستگی به انگلیس و آمریکا به عنوان "اصل" و "مقصد" دنبال شود و همه حقایق درباره اسلام و حوزه و روحانیت راستین قربانی گردد!
در اندیشه سیاسی حضرت امام خمینی آنچه در دنیای غرب و در داخل ایران در نفی رابطه دیانت و سیاست مطرح می‌شود و با این توجیه که اگر دین در حکومت و دولت دخالت کند قداست آن زایل و تبدیل به دین دولتی می‌شود و اصولا دین جنبه معنوی دارد و با سیاست پیوند و تعامل ندارد، نقد شده است.
امام خمینی ابتدا این ترفند استعماری را توضیح می‌دهد و سپس دلایل ارتباط دیانت و سیاست و ضرورت تشکیل حکومت دینی و حضور فقها و علمای حوزه در راهبرد جامعه را تبیین می‌کند.
امام خمینی درباره القائات استعماری در وجود تضاد بین سیاست و حکومت و دیانت می‌فرماید:
"گاهی موذیانه و شیطنت‌آمیز به گونه طرفداری از قداست اسلام که اسلام ودیگر ادیان الهی سروکار دارند با معنویات و تهذیب نفوس و تحذیر از مقامات دنیایی و دعوت به ترک دنیا و اشتغال به عبادات و اذکار و ادعیه که انسان را به خدای تعالی نزدیک و از دنیا دور می‌کند، و حکومت و سیاست و سررشته‌داری برخلاف آن مقصد و مقصود بزرگ معنوی است، چه اینها تمام برای تعمیر دنیا است و آن مخالف مسلک انبیای عظام است!"
حضرت امام خمینی سپس این تفکر را که به صورت توجیه ضرورت جدایی دین از سیاست و تحت این بهانه که رویکرد دین به حکومت باعث به وجود آمدن "دین دولتی" می‌شود و از قداست آن جلوگیری می‌کند و با اهداف معنوی پیامبران در معارضه می‌باشد، مردود اعلام می‌کند:
"باید به این نادانان گفت که قرآن کریم و سنت
رسول‌الله - صلی‌الله علیه و‌آله - آنقدر که در حکومت و سیاست احکام دارند در سایر چیزها ندارند، بلکه بسیاری از احکام عبادی اسلام، "عبادی - سیاسی" است که غفلت از آنها این مصیبت‌ها را به بار آورده. پیغمبر اسلام(ص) تشکیل حکومت داد مثل سایر حکومت‌های جهان، لکن با انگیزه بسط عدالت اجتماعی... و حکومت علی‌بن‌ابیطالب(ع) و نیز با همان انگیزه به طور وسیعتر و گسترده‌تر از واضحات تاریخ است... و آنچه گفته شده و می‌شود که انبیا- علیهم‌السلام- به معنویات کار دارند و حکومت و سررشته‌داری دنیایی مطرود است و انبیا و اولیا و بزرگان از آن احتراز می‌کردند و ما نیز باید چنین کنیم، اشتباه تاسف آوری است که نتایج آن به تباهی کشیدن ملت‌های اسلامی و بازکردن راه برای استعمارگران خونخوار است، زیرا آنچه مردود است حکومت‌های شیطانی و دیکتاتوری و ستمگری است... و اما حکومت حق برای نفع مستضعفان و جلوگیری از ظلم و جور و اقامه عدالت اجتماعی. همان است که مثل سلیمان بن داوود و پیامبر عظیم‌الشان اسلام(ص) و اولیای بزرگوارش برای آن کوشش می‌کردند،از بزرگترین واجبات و اقامه آن از والاترین عبادات است، چنانچه سیاست سالم که در این حکومت‌‌ها بوده، از امور لازمه است."
حضرت امام خمینی با نفی تفکر ظهور "دین دولتی" در اثر تعامل دیانت و سیاست، علاوه بر آنچه در پاسخ‌گویی و طرح ضرورت ارتباط دین و حکومت و در پی آن وجوب تشکیل "دولت دینی" مطرح کردند، در نگرشی دیگر چنین استدلال می‌کنند که: "ماهیت و کیفیت قوانین اسلام می‌رساند که برای تکوین یک دولت و برای اداره سیاسی و اقتصادی و فرهنگی جامعه تشریع گشته است." که از آن جمله است قوانین قضایی، جزایی، دفاعی، انتظامی، اقتصادی، سیاسی و حقوقی اسلام و نیز ضرورت ایجاد وحدت و اتحاد اسلامی و دفاع از مظلومان و حفظ استقلال
حقیقت این است که مسئله "دین دولتی" و آفت و آسیب‌های آن با آنچه در غرب مطرح شد و گروهی از اصلاح‌طلبان در دولت اصلاحات آن را تکرار کردند، با آنچه توسط مراجع عظام و فقها و عالمان و اندیشمندان آگاه به زمان در گذشته و حال مطرح می‌شد و می‌شود، متفاوت است.
"دین دولتی" و "حوزه دولتی" که توسط مراجع و فقها به ویژه حضرت امام خمینی و اصحاب اندیشمندش نفی می‌شود به گونه‌ای دیگر و دارای دو جنبه سیاسی و اقتصادی می‌باشد. از جنبه "سیاسی" دین و حوزه نباید در دولت هضم شوند و هویت خود را از دست بدهند. زیرا در دولت‌ها به طور قطع تفکرات جناحی نفوذ می‌کند و در افکار و عملکرد دولتمردان تاثیر می‌گذارد و همواره این خطر وجود دارد که گرایشات سیاسی خاص که با تفکر فراجناحی در تضاد است، در حوزه و روحانیت اثرگذار شود و استقلال آن را ضربه بزند. یکی از جنبه‌های این اثرگذاری‌های مخرب این است که برخی از دولتمردان در هر دوره از ریاست و قدرت، مصلحت خط و جناح خود را بر مصلحت دین، انقلاب، نظام، حوزه و روحانیت ترجیح دهند و آنچه می‌اندیشند و به رفتار و عمل درمی‌آورند، به نام دین و حوزه، علیه دین و حوزه به ظهور برسانند و اینجاست که استقلال اسلام ناب و اصیل و نیز روحانیت راستین در نقش حافظان وحی و قوانین الهی با خطر حتمی روبرو می‌شود و این هشدار حضرت امام خمینی که فرمود: "اگر کسی یا گروهی بخواهد مصلحت جناح و خط خود را بر مصلحت انقلاب مقدم بدارد حتما پیش از آنکه به رقیب یا رقبای خود ضربه بزند به اسلام و انقلاب لطمه وارد کرده است" ، جنبه عینی و عملی پیدا می‌کند. به همین دلیل همگان باید به این بینش فکری گرایش عملی برسند که با "دین" بازی نکنند و حوزه و روحانیت را ابزار دست‌یابی به اهداف ناسالم سیاسی قرار ندهند.
از جنبه "اقتصادی" نیز دین و حوزه نباید وابسته به دولت باشند و دولت اسلامی هر دوره و توسط هر حاکم و زمامدار نباید در حوزه و روحانیت طمع کند و به فکر تخصیص بودجه و مساعدت مالی برای بهره‌وری‌های خاص سیاسی از آنها برآید. این موضوع از جهت دیگر نیز قابل توجه است و آفت و آسیب به شمار می‌رود. به این ترتیب که وابسته بودن حوزه و روحانیت به دولت از جنبه اقتصادی، محدودیت‌هایی برای نظارت دقیق بر عملکرد زمامداران و انتقاد از خطاها و اشتباهات دولتمردان به همراه می‌آورد و مشخصه صراحت در بیان معایب و کاستی‌ها و شهامت در مقابله با بیراهه‌روی‌ها را از علمای دین می‌گیرد و این بزرگترین مانع بر سر راه حوزه‌ای است که در طول تاریخ ویژگی نظارت، نقادی، هشدار، تذکر و منع و بازخواست را به همراه داشته است.
حضرت امام خمینی به شدت مخالف وابستگی مالی حوزه به دولت اسلامی بود و وقتی پیشنهاد اختصاص بودجه دولتی برای مراکز حوزوی را به او عرضه می‌کنند، پاسخ می‌دهد که این کار صلاح نیست و حوزه باید مستقل باشد تا بتواند در برابر حاکمان از توان و قدرت لازم برخوردار گردد و در صورت مشاهده انحراف بتواند رسما موضع گیری و توصیه کند، و حال آنکه اگر بودجه دولتی بگیرد، نمی‌تواند این کار را انجام دهد
این سنت حسنه که توسط آن پیشوای بزرگ الهی پس از پیروزی انقلاب و استقرار نظام و حکومت و دولت در ایران، به آن عمل گردید، باید همچنان به صورت یک ضرورت حیاتی در حوزه و روحانیت مورد توجه قرار گیرد تا به این وسیله فقها وعلمای اسلام هیچ گونه وابستگی اقتصادی به دولت اسلامی نداشته باشند، همچنان که وابستگی فکری و سیاسی ندارند. و این حکومت و دولت است که باید همواره به تابعیت دین درآید و از حوزه‌های علمیه تغدیه فکری شود و به این وسیله مشی و روش خود را خالص کند و به راستی "دولت دینی و حوزوی" باشد و هرگز برخلاف سنت و شیوه متداول و همیشگی که مبنای اصلی "حکومت اسلامی" می‌باشد، به طمع‌ورزی و وابسته کردن حوزه و روحانیت نیفتد که در غیر این صورت به مرور آفت و خطر بزرگ "دین و حوزه دولتی" رخ می‌نمایاند.
این واقعیت را فراموش نکنیم که وابستگی سیاسی و وابستگی اقتصادی حوزه به دولت دارای رابطه متقابل می‌باشندو هر کدام در دیگری تاثیر می‌گذارند و از هم تاثیر می‌پذیرند. به این صورت که اگر حوزه از جنبه سیاسی وابسته به دولت باشد خواه ناخواه از جنبه اقتصادی نیز به وابستگی می‌رسد. زیرا اگر دولت بخواهد حوزه را از جنبه سیاسی تابع خویش سازد می‌داند که باید نیازهای اقتصادی آن را مرتفع کند، و نیز جانچه بخواهد حوزه را از جنبه اقتصادی به خود وابسته سازد، چنین انتظار دارد که حوزه از جنبه سیاسی به تابعیت دولت درآید و بر خطاها و اشتباهات دولتمردان چشم فرو خواباندو زبان در کام کشد و شاهد ساکت باشد و عملا بزرگترین مسئولیت حوزه و روحانیت که نظارت و انتقاد و امر به معروف و نهی ازمنکر است، برزمین بماند. به این ترتیب، وابستگی سیاسی به دولت، وابستگی اقتصادی می‌آورد، همچنان که وابستگی اقتصادی به دولت، وابستگی سیاسی می‌آورد.
با توجه به آنچه از نظر گذشت، نتایج ذیل حاصل می‌شود:
1- جریان خزنده مخالف رابطه دین و حوزه با سیاست و حکومت که به صورت تفکر برخاسته از دوره رنسانس و عصر اصلاح دینی و با این دلسوزی مصلحتی و ظاهری روشنفکران غرب گرا که دخالت دیانت درسیاست به دولتی شدن دین می‌انجامد، مردود است.
2 - شکل و شیوه‌‌های مخالفت با پیوند دین و حوزه وروحانیت با سیاست و حکومت که مکتب‌های ملی و عربی و ترکی و ایرانی در طول تاریخ معاصر مطرح کرده و امروز نیز مطرح می‌کنند و بر آن مبنا ملیت و زبان و نژاد را عنصر تعیین کننده در حکومت و دولت می‌دانند، مرموز و وابسته به تفکر ناسیونالیسم غربی است که با دین و حکومت دینی مخالف است.
3 - مخالفت با اظهار نظر مراجع و علمای اندیشمند حوزه در برخی از مسائل و تصمیم‌هایی که از سوی دولتمردان گرفته شده است. جای پای جریان‌های مخالف حضور حوزه و روحانیت در سیاست را نشان می‌دهد که با نام و شعارهایی نه همانند اصلاح طلبان تندرو، که به گونه‌ای مرموزتر و خطرناک‌تر در حال ترویج است و در واقع همان بیراهه با شعارهایی که دولت دینی و حوزوی را نفی می‌کند، امتداد دارد!
4 - در نگاه امام خمینی و مراجع وفقهای اسلام تشکیل "دولت دینی و حوزوی" حالت "وجوب" و "ضرورت قطعی" دارد، و اندیشه‌های سیاسی امام خمینی و تحقق عینی آن با وقوع انقلاب اسلامی و استقرار نظام جمهوری اسلامی با محوریت ولایت فقیه، دلیل روشن و غیر قابل انکار بر این وجوب و ضرورت است.
5 - در تفکر امام خمینی و مراجع و فقهای اسلام، "دین و حوزه دولتی" که به صورت وابستگی سیاسی و اقتصادی حوزه و روحانیت به دولت‌های اسلامی در هر دوره و به صورت تهدید و خطر مطرح است،به شدت نفی می‌شود.
حوزه و روحانیت اسلام "بیدار" است و "هشیار" و با پشتوانه‌ای چون اندیشه‌های سیاسی امام خمینی،می‌داند و می‌بیند که امروز چه جریان‌های خطرناکی همان تفکر باطل مخالف با حضور روحانیت در سیاست وحکومت را که در گذشته ضربات سختی بر پیکر دین و انقلاب و نظام وارد کرد، تعقیب می‌کند.
هم در میان اصلاح طلبان دیروز و هم در میان اصول گرایان امروز، دو جریان انحرافی نفوذ داشته و دارد که جریان اول صریح و نمایان به مخالفت با حوزه و روحانیت و حکومت دینی پرداخت و جریان دوم بسیار مرموز و خزنده حکومت دینی و حوزه و روحانیت را به حاشیه می‌برد، و البته روحانیت متعهد و دلسوخته و انقلابی، نمی‌گذارد تاریخ مشروطه تکرار شود.