انقلاب اسلامی مردم ایران به رهبری امام خمینی در سحرگاه 22 بهمن 1357 به پیروزی رسید، ولی علیرغم پیروزی انقلاب ولی هنوز هم آثار حاکمیت فرهنگی رژیم سابق در نهادهای حکومتی به چشم می‌خورد و گاهی هم باعث کارشکنی‌هایی می‌‌گردید. ضرورت ایجاد یک رفرم در ساختار اداری احساس می‌شد و بهترین جایگاه بر شروع این کار دانشگاه‌ها بود. دانشگاه‌ها که برای مدتی محل رسوخ و نفوذ افکار و عقاید التقاطی شده بود، گروه‌های مبارز در مراکز آموزش عالی و دانشگاه‌ها برای خود سنگر گرفته بودند و انقلابیون برای اعمال حاکمیت ایدئولوژی انقلابی می‌بایست دست به یک اصلاح و رفرم می‌زدند. در واقع نظام حاکم بر آموزش عالی بر حسب نیازهای حکومت سابق طراحی شده بود و آموزه‌های آن جوابگوی یک نظم جدید حاصل از انقلاب اسلامی نبود.
جریان سابق یک جریان التقاطی بود و آموزش عالی باید در راه نیل به اهداف متعالیه انقلاب مورد بهره‌برداری قرار می‌گرفت و در واقع بهترین فرصت بود که دانشگاه‌ها ساختار سیاسی جدید را تئوریزه نمایند. ولی آموزش عالی در آن ایام به علت نفوذ عناصر حاکمیت سابق و یا گروه‌های مبارز و معاند به جایگاه عرضه ایدئولوژی‌های رنگارنگ تبدیل شده بود و محوطه دانشگاه‌ها بصورت ارثیه پدری بین گروه‌ها تقسیم شده بود و هر یک دارای حریمی خاص بودند. بخشی از دانشگاه تبدیل شده بود به مرکز آموزش و انبار مهمات گروه‌هایی که هنوز نتوانسته بودند خود را با نظام جدید وفق بدهند. و گاهی به درگیری‌های خونین نیز کشیده می‌شد. حضرت امام از همان روزهای اول پیروزی در مورد فرهنگ و دانشگاه‌های کشور تذکرات لازم را می‌داند. ایشان می‌فرمود:
«این فرهنگ باید متحول شود. فرهنگ استعماری فرهنگ استقلالی بشود. »[1]
«جوان‌های ما را، عمرهایشان را دارند ضایع می‌کنند، یعنی رفتن در این دانشکده و در این دانشگاه‌ها جز تضیع عمر معلم و متعلم چیزی نیست. معلم‌ها هم این را می‌دانند، متعلم‌ها هم این را می‌دانند.[2]»
«در جمهوری اسلامی باید تمام مسائل که در ایران است متحول بشود. در جمهوری اسلامی باید دانشگاه‌ها متحول بشود. دانشگاه‌های پیوسته، به دانشگاه‌های مستقل متبدل بشود. فرهنگ ما باید متبدل بشود. فرهنگ استعماری، فرهنگ استقلالی بشود.»[3]
امام خمینی بخشی از پیام نوروزی 59 را به دانشگاه و دانشگاهیان اختصاص دادند و دراین رابطه فرمودند:
«باید انقلابی اساسی در تمام دانشگاه‌های سراسر ایران بوجود آید تا اساتیدی که در ارتباط با شرق و غرب هستند تصفیه گردند و دانشگاه محیط سالمی شود برای تدریس علوم عالی اسلامی. باید از بدآموزی‌های رژیم سابق در دانشگاه‌های سراسر ایران شدیداً جلوگیری کرد».[4]
صدور پیام نوروزی امام خمینی در اول فروردین 59 را باید نقطه عطفی در تاریخ انقلاب فرهنگی دانست. ایشان در بند 11 این پیام بر ضرورت ایجاد انقلاب اسلامی در دانشگاه‌های سراسر کشور، تصفیه اساتید مرتبط با شرق و غرب و تبدیل دانشگاه به محیطی سالم برای تدوین علوم عالی اسلامی تأکید کردند.
امام در 23 خرداد سال 59 در حکمی به عده‌ای از مبارزین متعهد و انقلابی فرمان دادند که شورایی برای تحقق این امر تشکیل دهند. در قسمتی از این پیام آمده است:
«به حضرات آقایان محترم محمدجواد باهنر، مهدی ربانی املش، حسن حبیبی، عبدالکریم سروش، شمس آل احمد، جلال الدین فارسی و علی شریعتمداری مسئولیت داده می‌شود تا ستادی تشکیل دهند و از افراد صاحب نظر متعهد از بین اساتید مسلمان و کارکنان متعهد و دانشجویان متعهد و با ایمان و دیگر قشرهای تحصیلکرده، متعهد و مؤمن به جمهوری اسلامی دعوت نمایند تا شورایی تشکیل دهند و برای برنامه‌ریزی رشته‌های مختلف و خط مشی فرهنگی آینده دانشگاه‌ها، بر اساس فرهنگ اسلامی و انتخاب و آماده سازی اساتید شایستۀ متعهد و آگاه و دیگر امور مربوط به انقلاب آموزشی اسلامی اقدام نمایند.»[5]
این شورا در شهریور ماه سال 62 بر اساس نامه رئیس جمهور وقت آیت الله خامنه‌ای و قبول امام ترمیم و تکمیل شد و اساسنامه آن در چهار بند تصویب شد.
بار دیگر در آبان ماه سال 76 تغییراتی در جایگاه و اهداف و وظایف انقلاب فرهنگی رخ داد و در همان مصوبه، اهداف شورای عالی انقلاب فرهنگی بدین قرار معین شد:
1- گسترش و نفوذ فرهنگ اسلامی در همه شئون جامعه و تقویت انقلاب فرهنگی و اعتلای فرهنگ عمومی.
2- تزکیه محیط‌های علمی و فرهنگی از افکار مادی و نفی مظاهر و آثار غربزدگی از فضای فرهنگی جامعه؛
3- تحول دانشگاه‌ها و مدارس و مراکز فرهنگی و هنری بر اساس فرهنگ صحیح اسلامی و گسترش و تقویت هر چه بیشتر آنها برای تربیت متخصصان متعهد و اسلام شناس متخصص و مغزهای متفکر و وطن خواه و نیروهای فعال، ماهر، استادان، مربیان و معلمان معتقد به اسلام و استقلال کشور؛
4- تعمیم سواد و تقویت و بسط روح تفکر و علم آموزی و تحقیق و استفاده از دستاوردها و تجارب مفید دانش بشری برای نیل به استقلال علمی و فرهنگی؛
5- حفظ و احیاء و معرفی آثار و مآثر اسلامی و ملی؛
6- نشر افکار و آثار فرهنگی انقلاب اسلامی و ایجاد و تحکیم روابط فرهنگی با کشورهای دیگر به ویژه با ملل اسلامی.[6]
این شورا وظایف 28گانه‌ای دارد، که سیاست‌های این شورا هم در ضمن آن مشخص گردیده است.[7]
پس از صدور حکم انقلاب فرهنگی، گروه‌های سیاسی مختلفی که در دانشگاه‌ها بودند با آن مخالفت کردند. بعضی‌ها اصل حکم را قبول نمی‌کردند و بعضی‌ها انقلابی بودنش را. برخی افراد بر علیه حکم امام سخنرانی و مصاحبه کردند، در روزنامه‌ها مقاله نوشتند و در داخل دانشگاه‌ها کار به زد و خورد و تیراندازی کشید که در آخر منجر به تعطیلی دانشگاه‌ها شد.[8]
سخن آخر: مهم‌ترین هدف شورا گسترش و نفوذ فرهنگ اسلامی میان همه افراد جامعه و تقویت انقلاب فرهنگی و اعتلای فرهنگ عمومی جامعه تبیین شده است و باید گفت حضرت امام با درایت خود آخرین هربه‌های تهدید انقلاب را نابود کرد و منافقین و معاقدین و اجانب را که به مراکز آموزش عالی ایران چشم امید دوخته بودند مأیوس کرد.